El directorio /httpdocs/ debe utilizarlo para alojar todos sus archivos en general. El acceso al contenido de ese directorio será desde:
http://www.sudominio.ext
El directorio /httpsdocs/ se utiliza en caso de que desee utilizar SSL para realizar conexiones seguras y aceptar pagos online desde su sitio web por ejemplo. Para ello necesitará un certificado digital de seguridad expedido por un organismo competente como por ejemplo Thawte (http://www.thawte.com). El acceso al contenido de ese directorio será desde: https://www.sudominio.ext (Nótese la "s" añadida tras "http")